Für Mädchen gibt es im Trafo immer wieder besondere Angebote. Selbstbehauptungstraining, Mädchengruppe, Meedels-Aktionen, Themenarbeit oder Theaterprojekte finden in regelmäßigen Abständen statt. Die Mädchen werden im offenen Bereich gezielt gefördert und unterstützt, z.B. bei der Besetzung des Thekendienstes oder der Organisation von mädchenspezifischen Veranstaltungen. Im Trafo gibt es ein eigenes Mädchenzimmer. Der Satz: "Jegliche sexistische Äußerungen oder Verhaltensweisen sind zu unterlassen", wurde vor acht Jahren von der MitgliederInnenversammlung in die Hausordnung des Jugendhauses Trafo aufgenommen.